Fraunhofer ist Mitglied der Allianz der Wissenschaftsorganisationen, die ein Zusammenschluss der bedeutendsten Wissenschaftsorganisationen in Deutschland ist. Sie nimmt regelmäßig Stellung zu wichtigen Fragen der Wissenschaftspolitik.
Weitere Mitglieder sind die Alexander-von-Humboldt-Stiftung, der Deutsche Akademische Austauschdienst (DAAD), die Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG), die Helmholtz-Gemeinschaft, die Hochschulrektorenkonferenz (HRK), die Leibniz-Gemeinschaft, die Max-Planck-Gesellschaft (MPG), die Nationale Akademie der Wissenschaften Leopoldina und der Wissenschaftsrat.
2024 übernimmt die Max-Planck-Gesellschaft die Federführung über die Tätigkeiten der Allianz.