Das Bundesministerium für Bildung und Forschung stellte ab 2006 für die Hochschulen 1,9 Mrd. Euro zur Verfügung, die im Rahmen der Exzellenzinitiative in einem mehrstufigen Wettbewerb vergeben wurden. Neben den Zukunftskonzepten zum Ausbau universitärer Spitzenforschung wurden auch Exzellenzcluster und Graduiertenschulen gefördert, an denen Fraunhofer-Institute oftmals maßgeblich beteiligt sind. Derzeit wird die Weiterführung der Exzellenzinitiative diskutiert.
Fraunhofer ist eng mit den Universitäten verbunden und bringt insbesondere das Element der Innovationsorientierung in die Standortplanung mit dem Konzept der Leistungszentren ein. Die Leistungszentren heben die Zusammenarbeit zwischen Universitäten, Fraunhofer und Unternehmen themenbezogen auf eine neue Stufe. Gemeinsam mit den politisch verantwortlichen Akteuren entwickeln die Partner eine verbindliche, durchgängige Roadmap für Forschung und Lehre, Nachwuchsförderung, Infrastruktur sowie Innovations- und Wissenstransfer. Die Leistungszentren haben damit das Ziel, die Verwertung wissenschaftlicher Ergebnisse in allen Sektoren der Wirtschaft zu optimieren.
Diese Konzeption hat sich innerhalb von drei Pilotvorhaben zu den Leistungszentren in Freiburg, Erlangen und Dresden bestätigt. Fraunhofer baut in Unterstützung der jeweiligen Universitäten und Regionen weitere Leistungszentren gezielt weiter aus und stärkt damit die Sichtbarkeit von Standorten auf spezifischen, für die Region besonders charakteristischen Themen.